Lisansını İstanbul Üniversitesi İktisat Fakültesi’nde tamamlayan Aktükün, yüksek lisansını (1993) ve doktorasını (2002) yine aynı üniversitenin Sosyal Bilimler Enstitüsü Uluslararası İlişkiler Bölümü’nde yaptı. Siyaset bilimi, uluslararası ilişkiler ve spor tarihi üzerine çalışmalar yürüten ve bu alanlarda yayımlanmış pek çok eseri bulunan Aktükün, İstanbul Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi’nde Uygarlık Tarihi, Rus Kültürü ve Coğrafyası ile Diplomasi Tarihi üzerine dersler vermektedir.