Zeynep Kızıltan İÜ Edebiyat Fakültesi Eski Önasya Dilleri ve Kültürleri Bölümü'nden 1977'de mezun oldu. 1978–1985 yılları arasında, Kültür Bakanlığı Eski Eserler ve Müzeler Genel Müdürlüğü ile İstanbul Rölöve ve Anıtlar Müdürlüğü Tespit ve Tecil Birimi’nde müze asistanı ve müze araştırmacısı olarak görev yaptı. 1986 itibariyle İstanbul Arkeoloji Müzeleri Müdürlüğü çatısı altında çeşitli çalışmalar yaptı ve görevler üstlendi; 2009-2018 arasında müzenin müdireliğini üstlendi. Alman Arkeoloji Enstitüsü ve Eski Çağ Bilimleri Enstitüsü üyesi olan Kızıltan, İstanbul’daki Marmaray ve metro hatları üzerindeki kurtarma kazılarını yönetti.